Bernard Mouton débute la musique par la flûte traversière dès l'âge de 7 ans. Par la suite, il étudie également le saxophone et le violon. Ce n'est que tardivement qu'il découvre la flûte à bec pour laquelle il se perfectionne d’abord auprès de Mieke Van Weddingen, puis au Conservatoire de Bruxelles dans la classe de Frédéric de Roos et ensuite à Paris auprès de Pierre Hamon. Parallèlement, il obtient un diplôme de musicologie à l’Université Libre de Bruxelles. Ces deux formations complémentaires lui permirent de découvrir les musiques de périodes de plus en plus anciennes.
Depuis quelques années, il s'intéresse essentiellement à la période médiévale et particulièrement au répertoire monodique des troubadours et des trouvères (XIIe - XIIIe). Il a suivi des cours ou master classes avec les musiciens de différents ensembles médiévaux Alla Francesca (France), Micrologus (Italie), Boston Camerata (Etats-Unis). En 1998, il crée un spectacle médiéval de magie en musique avec le magicien Sylvain Sluys, Les Ballades du temps jadis, qui tourna durant le printemps et l'été 99 (notamment aux Nuits Médiévales de Saint-Antoine l'Abbaye, France). Il a dirigé l'ensemble Fin' Amor qui était spécialisé dans l'interprétation du répertoire profane monodique des XIIe et XIIIe siècles. En 2000, il crée, avec la chanteuse Edith Saint-Mard, l’ensemble La Roza Enflorese. Depuis 2001, il est directeur artistique du festival bruxellois des Midis-Minimes. En 2004, il crée « Musica Ficta », un label spécialisé en musique ancienne au sein de Pavane, et en assure la direction artistique.

Juillet 2019